Program kształcenia oraz plan studiów magisterskich Kierunku Gospodarka Przestrzenna w Uniwersytecie Ekonomicznym w Krakowie adresowany jest przede wszystkim do absolwentów pierwszego stopnia tego kierunku, a także kierunków i specjalności pokrewnych (Nieruchomości, Gospodarki i Administracji Publicznej, Finansów Publicznych, Gospodarki Miejskiej, Ekonomii, Geografii Ekonomicznej).
W świetle Ustawy Prawo o Szkolnictwie Wyższym, znowelizowanej w 2011 roku, do odbywania studiów drugiego stopnia w uczelni może być dopuszczona osoba, która spełnia warunki rekrutacji ustalone przez uczelnię oraz ma tytuł magistra, licencjata, inżyniera lub równorzędny (art.169). Oznacza to, że z formalnego punktu widzenia studia na tym kierunku może podjąć osoba legitymująca się dyplomem licencjata (inżyniera, magistra) dowolnego kierunku studiów.
Studia drugiego stopnia uruchomione są w systemie stacjonarnym i niestacjonarnym. Trwają cztery semestry. W trakcie przygotowywania jest program kształcenia dla trzy-semestralnych studiów drugiego stopnia dla absolwentów studiów inżynierskich.
Kandydaci na studia stacjonarne zdają egzamin z zagadnień gospodarki przestrzennej lub finansów lub ekonomii. W zakładce „do pobrania" znajdują się zestawy bardziej szczegółowych problemów z wymienionych wyżej trzech grup zagadnień. Kandydat dokonuje wyboru jednej z tych grup.
W ostatnich dwóch semestrach student przygotowuje pracę dyplomową, której obrona, po uprzednim zaliczeniu wszystkich przedmiotów z planu studiów, oznacza uzyskanie tytułu zawodowego magistra.
Absolwent kierunku Gospodarka Przestrzenna uzyskuje niezbędną wiedzę i umiejętności z zakresu planowania zrównoważonego rozwoju, a także kształtowania środowiska przestrzennego zgodnie z wymogami cywilizacyjnymi, możliwościami technicznymi oraz zasadami ładu przestrzennego. Absolwent ma kompetencje analityczne, kreatywne, metodologiczne oraz negocjacyjne, rozumie uwarunkowania społeczne i interkulturowe swojej działalności.